Bei jeder Spielrunde, also bei jeder Ziehung, startet der Jackpot für LOTTO 6aus49 zwischen 1 und 3 Millionen Euro. Die Obergrenze beträgt maximal 50 Millionen Euro. Diese feste Höchstsumme wurde 2023 eingeführt, im Anschluss an andere europäische Lotterien wie zum Beispiel Eurojackpot. Bis dahin lag die Jackpot-Obergrenze bei LOTTO 6aus49 bei 45 Millionen Euro, sodass die Anhebung auf 50 Millionen Euro eine klare Verbesserung darstellt.